Bohatá tradícia v pestovaní ovocia na Hornej Nitre vytvorila koncom 19. storočia / 1893/ podmienky na vznik kráľovskej ovocnej škôlky v Nitrianskom Rudne. Až do vzniku Československej republiky táto škôlka okrem produkcie ovocných výpestkov sústreďovala vtedajší sortiment kvalitných odrôd a zakladala odrodové pokusy. Postupne rozširovala svoju činnosť o odborné školenia ovocinárov, založenie ovocinárskeho družstva, organizovanie výstav ovocia.
V r.1920 bola škôlka pričlenená ako pokusné a množiteľské pracovisko k Výskumnému ústavu ovocinárskemu v Bratislave a získala nové pozemky v Prievidzi, kde sa v ďalších rokoch vybudovala nová Štátna ovocinárska škôlka Prievidza. Až do r. 1949 škôlka vyrábala ovocné výpestky, vykonávala klonovú selekciu štandardných odrôd a skúšala odrody svetového sortimentu.
V r.1949 bola škôlka pričlenená ku Krajskému ústavu poľnohospodárskemu už ako Výskumná a šľachtiteľská stanica ovocinárska v Prievidzi. Stanica riešila celý rad štátnych výskumných úloh z oblasti ovocinárstva a rozvíjala novošľachtenie najmä drobného ovocia.
V r.1959 získala stanica 212 ha pôdy v katastri mesta Bojnice, na ktorých bola vybudovaná nová šľachtiteľsko-výskumná stanica s laboratóriami a skleníkmi. Činnosť stanice bola zameraná na udržiavacie šľachtenie drobného ovocia, jadrovín, červených a modrých kôstkovín a ich podpníkov, štúdium svetových sortimentov, rozpracovávanie úloh zámerného novošľachtenia, riešenie jednotlivých výskumných etáp aktuálnych problémov ovocinárskej praxe a produkciu škôlkarských výpestkov ovocných rastlín.
V r.1977 bol v priestoroch šľachtiteľskej stanice zriadený Ústav ovocných a okrasných drevín,š.p. Bojnice a k nemu pričlenené šľachtiteľské stanice v Bojniciach, Klčove a Veselom pri Piešťanoch.
V r.1980 získal ústav akreditáciu a stal sa Výskumným ústavom ovocných a okrasných drevín Bojnice. Ústav bol začlenený do OP SEMEX Bratislava, mal celoslovenskú pôsobnosť a koordinoval aplikovaný výskum, šľachtenie a reprodukciu ovocných rastlín na Slovensku.
V roku 1994 bol odčlenený delimitáciou od š.p. SEMEX a stal sa samostatným štátnym podnikom, ktorý bol v r.1995 pretransformovaný na akciovú spoločnosť.